哲學系正式成立于1999年，辦學曆史可以追溯到20世紀20年代末東吳大學時期。1955年設立馬克思主義哲學教研室，1979年開始招收馬克思主義哲學專業碩士研究生，是“文革”後全國首批獲馬克思主義哲學專業碩士學位授予權單位之一。1994年馬克思主義哲學專業獲評江蘇省重點學科，1998年增列為二級學科博士點。1999年哲學系設置哲學本科專業，2003年設立博士後流動站。2004年中國哲學專業增列為二級學科博士點，2005年馬克思主義哲學專業獲評省國家重點學科培育點，2007年馬克思主義哲學課程獲評國家級精品課程，2011年獲批哲學一級學科博士點。

截止到2022年3月，哲學系現有全職專業教師34人（不含統招博士後），包括教授16人、副教授9人、講師9人。其中，中央“馬工程”專家1人，全國優秀教師1人，教育部優秀青年教師1人，江蘇省教學名師1人，江蘇社科名家1人，江蘇社科英才1人，江蘇社科優青2人，江蘇雙創人才3人，蘇州大學特聘教授5人（卓越人才1人，傑出人才3人，精英人才1人）。研究領域涵蓋馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學、倫理學、科學技術哲學、宗教學、邏輯學、美學、管理哲學、城市哲學等十個二級學科方向。

哲學系現有哲學、思想政治教育（師範類）兩個本科專業以及哲學一級學科博士點、碩士點和哲學博士後流動站，開設齊整成熟的碩士、博士學位點方向，其中管理哲學、城市哲學為特色方向、城市哲學博士點為全國唯一，招收本科、碩士、博士不同層級的優秀學生以及博士後研究人員。哲學系是教育部人文社科重點研究基地中國特色城鎮化研究中心的創始單位，是兩個國家級學術團體（全國馬克思恩格斯哲學思想研究會、全國城市哲學思想研究會）的會長單位，擁有東吳哲學研究所、顧炎武研究中心、宗教研究所、中醫哲學研究中心、倫理道德與社會發展研究所等多個校級科研機構，主辦《東吳哲學》《馬克思恩格斯哲學思想研究》兩本學術集刊。

近五年，哲學系專任教師主持國家社科基金項目17項（其中重大1項，重點3項），省部級社科基金重大、重點、一般項目13項；在《中國社會科學》《哲學研究》《世界宗教研究》等刊物發表論文500多篇，《新華文摘》全文轉載16篇；出版專著、譯著20餘部；獲教育部高校人文社科優秀成果獎、江蘇省哲學社科優秀成果獎等各類獎項20餘項。